Historické jádro města bylo vyhlášeno městskou památkovou rezervací roku 1981. Rozkládá se kolem obdélného náměstí a je sevřeno zbytky hradebního opevněním s Píseckou bránou. Mezi další památky patří např. kostel sv. Jakuba Většího, radnice, kaple sv. Jana Nepomuckého či množství měšťanských domů.
Prachatice představují jedno z
nejlépe zachovalých renesančních měst v ČR, ve kterém se dochovalo množství velmi cenných staveb. Ačkoli ve středověku byly
Prachatice jedním z nejbohatších měst na
jihu Čech, v 17. století zažívala místní ekonomika stagnaci. Díky ní se však neinvestovalo do nákladných přestaveb domů a
historické jádro města se tak zachovalo v téměř
nezměněné podobě dodnes. Pro svou jedinečnost bylo historické centrum na půdorysu původního města prohlášeno v roce 1981 městskou památkovou rezervací.
Historické centrum se rozkládá kolem náměstí se starou a novou
radnicí, bývalou
solnicí a neobyčejně cennými měšťanskými
gotickými a renesančními domy, z nich některé mají krásnou sgrafitovou výzdobu. K nejvýznamnějším stavbám ve městě se řadí pozdně gotický
děkanský kostel sv. Jakuba s gotickou výzdobou, renesanční
radnice s arkádami,
Sittrův dům (dnes
Prachatické muzeum),
dům Jiříka Bozkovského,
Rumpálův dům,
Heydlův dům a další domy. Město dříve obepínal
dvojitý pás hradeb, z nichž se dochovaly jejich části včetně několika bašt a zdvojené
Dolní neboli
Písecké brány s cimbuřím a průčelní freskou.